Die Lehrstühle der Theologischen Fakultät sind organisatorisch in zwei Seminaren zusammengefasst: dem Theologischen und dem Religionswissenschaftlichen Seminar.

An der Theologischen Fakultät sind drei Institute beheimatet, die zur Hauptsache spezifische Forschungsaufgaben erfüllen:

Institut für Hermeneutik und Religionsphilosophie

Institut für schweiz. Reformationsgeschichte

Institut für Sozialethik

Die Theologische Fakultät der Universität Zürich ist am ZRWP und am Zentrum für Kirchenentwicklung beteiligt.