Die drei an der Theologischen Fakultät beheimateten Institute erfüllen spezifische Forschungsaufgaben:

Institut für Hermeneutik und Religionsphilosophie

Institut für Schweizerische Reformationsgeschichte

Institut für Sozialethik

Die Theologische Fakultät der Universität Zürich ist am Zentrum für Religion, Wirtschaft und Politik (ZRWP) und am Zentrum für Kirchenentwicklung beteiligt.

Das Center for the Academic Study of Christian Sprituality CASCS, ein Forschungsnetzwerk für Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler, ist ebenfalls an der Theologischen Fakultät angesiedelt.