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Die drei am Theologischen Seminar beheimateten Institute erfüllen spezifische Forschungsaufgaben:
Institut für Hermeneutik und Religionsphilosophie
Institut für Schweizerische Reformationsgeschichte
Institut für Sozialethik
Zentrum für Kirchenentwicklung (ZKE)
Center for the Academic Study of Christian Sprituality CASCS