Die drei an der Theologischen Fakultät beheimateten Institute erfüllen spezifische Forschungsaufgaben:

Institut für Hermeneutik und Religionsphilosophie

Institut für Schweizerische Reformationsgeschichte

Institut für Sozialethik

Die Theologische Fakultät der Universität Zürich ist am
Zentrum für Religion, Wirtschaft und Politik (ZRWP) und am
Zentrum für Kirchenentwicklung (ZKE) beteiligt.

Das Forschungsnetzwerk Center for the Academic Study of Christian Sprituality CASCS ist ebenfalls an der Theologischen Fakultät angesiedelt.